Il primo documento certo riguardante Papozze lo troviamo nel 1255 (14 novembre - Venezia): Tebaldino detto Papozzo, cittadino ferrarese, vende e concede per il prezzo di 1150 libbre di ferrarini ai veneziani Marco e Matteo Quirni tutte le terre e possessioni poste nel luogo che viene chiamato Papocia tra i seguenti confini: "ab uno capite de supra canali de gorexanis qui dicitur Gorexene usque ad Ysolelam, ab alio capite inferiori vallis Petri Philippi et miro et vallis volate, ab uno latere canalis boum que dicitur rupta Ficaroli et canalis lungo le qui modo appellatur Corbola usque ad caput aggeris canonice Adrie, iusta vallem que dicitur Parixia...".
E' questa la prova inconfutabile del possesso di Papozze dei Quirini Veneti, i quali ne rimarranno gli indiscussi possessori per tutto il XIII secolo. Papozze, allora come oggi, confinava a sud con il Po, che per un lungo periodo si chiamerà "Rupta Ficaroli", a nor-est con le Corbole Inferiori (Panarella, Bottrighe e Bellombra) e ad ovest con Villanova dei Burgelli. Soltanto all'inizio del XIV secolo gli Estensi incominciarono ad estendere il loro dominio anche sulla villa di Papozze, ciò in seguito alla guerra fratricida sorta in casa d'Este alla morte del marchese Azzo VIII.
Il dominio estense durò fino al 1597 quando, alla morte di Alfonso II, in mancanza di eredi legittimi, tutto il ducato tornò alla Santa Sede. Il domino Pontificio su Papozze durò ben 2 secoli, sino all'invasione francese del 1797.
Napoleone, in seguito alle sue conquiste, creò la Repubblica Cisalpina che comprendeva quasi tutta la valle Padana, compreso il territorio di Papozze. Nel 1807 Napoleone ordinava la costituzione del comune di Papozze che aggregato alla provincia di Rovigo entrò per la prima volta a far parte del Polesine. Nel 1815 con il Congresso di Vienna, che segnò la fine dell'impero napoleonico, Papozze passò all'Austria sotto cui vi rimase sino al 1866, anno in cui, con la terza guerra d'indipendenza, fu liberato dal giogo austriaco, passando finalmente a far parte del Regno d'Italia.
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